序序凡例卷一述原引种预防禁忌辨证卷二论治（上）卷三论治（下）卷四运气选案
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简介序卷一卷二卷三卷四卷五卷六
铜人针灸经点校说明卷一卷二卷三卷四卷五卷六卷七
总论各论温病大纲逆传入营流连气分邪留三焦里结阳明卫、气、营、血看法论湿邪察舌白苔黄苔绛舌紫舌淡红舌黑苔验齿辨斑疹辨白疹论妇人温病
书《玉机微义》后序兰室集·医家十要兰室誓戒戒行吟调鼎吟风火暑湿燥寒发热腹痛头痛腰痛胁痛心痛牙疼眼目泻痢疟（又名）咳嗽吐衄血溺血下血诸气漏淋小水不禁（详淋）喉痹诸疮漏疮疥风癣痔疮疮疝香港脚转筋痿内伤痰饮
序针灸资生经第一偃伏头部中行十穴偃伏第二行左右十四穴偃伏第三行左右十二穴侧头部左右二十六穴正面部中行六穴面第二行左右十穴面第三行左右十穴面第四行左右十穴侧面部左右十四穴（更二穴）肩膊部左右二十六穴背俞
序一序二序三卷一卷二卷三疹痧疹附录吴山散记小引吴山散记
序卷之一温邪门暑邪门伏暑门疟疾门痢疾门黄胆门卷之二中风门肝风痰火门虚劳门吐血门臌胀水肿门卷之三积聚门（附虫积）脘腹痛门噎膈反胃门三消门痰饮门痰喘门卷之四咳嗽门疝气门遗精淋浊门痉厥门杂病门妇人门产后门幼
吴序恽序盛序程序自序凡例用药法程草部山草类人参丹参沙参元参苦参苍术白术甘草黄远志玉竹知母贝母秦艽白藓皮升麻柴胡前胡独活细辛防风羌活桔梗黄连胡黄连黄芩天麻龙胆草茅根延胡索地榆巴戟天肉苁蓉淫羊藿贯众金毛脊