序卷上发热恶寒恶风寒热潮热自汗盗汗头汗手足汗无汗头痛项强头眩胸胁满心下满腹满少腹满烦热虚烦烦躁懊舌上苔衄血哕咳卷中喘呕吐悸渴振战栗四逆厥郑声谵语短气摇头螈不仁直视郁冒动气自利筋惕肉热入血室发黄发狂霍乱
卷第一叙论太阳证阳明证少阳证太阴证少阴证厥阴证两感证三阴三阳传病证卷第二可发汗证不可发汗证四逆证和表证可下证（血证附）不可下证可水不可水证可吐不可吐证可灸不可灸证可火不可火证可温证火邪证卷第三结胸证心
兰室秘藏
简介自序凡例卷一卷二卷三卷四
卷第一（求端探本）凡一门求子方论卷第二（方书叙例）凡十三门叙初有小儿方第一叙小儿有病与大人不殊第二叙小儿方可酌量药品分两第三叙小儿有病宜早治第四叙调理小儿第五叙修合药第六叙用药第七叙小儿气弱不可容易吐
卷一中风总括中风死候类中风总括伤风总括痉病总括痉病死证破伤风痹病总括周痹痹病生死证痹入脏腑证痿病总括痿痹辨似痿病治法香港脚总括香港脚死证卷二内伤总括内伤外感辨似虚劳总括虚劳死证虚劳治法痨瘵总括痨瘵治法
凡例卷首前贤医案五脏所司兼五行所属（图缺）动功六字延寿诀太极阴阳动静致病例五轮定位之图八廓定位之图（图缺）五轮歌括五脏主病八廓歌括八廓主病脏腑表里三阴三阳轮廓贯通五运之图六气之图逐年六气总论卷一五轮所
金匮要略方论原序自叙后叙叙卷一脏腑经络 十六章脏腑经络一脏腑经络二脏腑经络三脏腑经络四脏腑经络五脏腑经络六脏腑经络七脏腑经络八脏腑经络九脏腑经络十脏腑经络十一脏腑经络十二脏腑经络十三脏腑经络十四脏腑经
自叙阳湖张琦序丹徒赵克宣序丹徒赵克宜序长沙徐树铭序湘潭欧阳兆熊序长沙黄济序完颜崇实序吴郡顾复初序江夏彭崧毓序吴县曹元恒序卷一·天人解阴阳变化五行生克脏腑生成气血原本精神化生形体结聚五官开窍五气分主五味
叙上卷一、太极图抄引二、太极图（图缺）三、太极图说四、不知《易》者不足以言太医论五、问三才所同者于人身何以见之六、命门图说（图缺）七、右肾水火辩九、《难经正义》三焦评附：东垣三焦论十、问诊三焦包络十一