卷一卷一伤寒传经从阳化热从阴化寒原委太阳风邪伤卫脉证太阳寒邪伤营脉证风寒营卫同病脉证误服三汤致变救逆三阳受病传经欲愈脉证阳明表病脉证阳明热病脉证阳明腑病脉证阳明慎汗慎清慎下少阳脉证少阳病用柴胡汤加减法
序一序二自序跋凡例太极图（图缺）命门水火图（图缺）五气图（图缺）卷之一医论命门水火图说五气图说论膀胱者州都之官津液藏焉气化则能出矣论补脾补肾治血贵静广嗣方论论诸痿胃气当察辨利痢脉病之殊治病求本驳诸家痨
兰室秘藏
简介祖剂细目祖齐小叙卷之一卷之二卷之三卷之四
简介杂病·自叙杂病·卷第一 诸中门·诸伤门·寒热门杂病·卷第二 诸气门杂病·卷第三 诸呕逆门·诸血门杂病·卷第四 诸痛门·痿痹门杂病·卷第五 诸风门·神志门·杂门杂病·卷第六 大小腑门杂病·卷第七 七
简介序卷一卷二卷三卷四卷五卷六卷七卷八卷九
孙序卷一三吴治验万历龙飞二年吴小峰小川目疾万历甲戌沈中丞案张孝廉后渠大头疫吴江孙行人痛风（有发明）郑都谏公子痘（有发明）张文学子心病虚弱（有发明）大宗伯董浔阳翁脾胃疾（有发明）董龙山夫人便血马厨疟痢并
卷一脏腑经络先后病脉证第一痉湿病脉证并治第二卷二百合狐惑阴阳毒病脉证并治第三疟病脉证并治第四中风历节病脉证并治第五血痹虚劳病脉证并治第六肺痿肺痈咳嗽上气病脉证并治第七卷三奔豚气病脉证并治第八胸痹心痛短
卷一痘原出痘形证痘出五脏形证痘主部位痘形顺逆痘色顺逆痘证老嫩痘证疏密辨形神声气饮食之虚实辨气血虚实证辨表证虚实辨里证虚实辨阳热证辨阴寒证辨虚实寒热误治禀赋顺逆险天时顺逆险人事顺逆险发热顺证发热险证发热
自叙序卷一总论部痈疽之脉痈疽之源痈疽之别痈疽生死法察形色顺逆法内消内托法虚实症治法经络大略十二经补泻药品针砭灸烙烘照蒸拔等法针砭灸烙卷一论症治次第虚实顺逆标本论治药忌辨症论溃疡论脓血论疮口生肌验膜症变