正文以上发明病根，是本段之前半截。下乃备引经义，以证其实而足其理。以上论理升降出入，是病机也。推病根，为第二段。以上推论化气，发明标本，是补足前半篇义理，为第三段。以下论五味补泻治法，退出通篇，为第四
凡例《灵枢经》骨度尺寸头部胸腹部背部侧部四肢部器具总论第一则·金疮论治第二则·治伤法论第三则·跌打损伤内治证第四则·至险之证不治论第五则·从高坠下伤第六则·颠顶骨伤第七则·囟门骨伤第八则·鼻梁骨断第九
绪言卷一摄生第一阴阳第二脏象上第三脏象下第三卷二脉色上第四脉色下第四经络上第五卷三经络下第五标本第六气味第七论治第八卷四疾病第九病机邪气阴阳卷四疾病第十经脏虚实时令卷五疾病第十一五气情志风厥伤寒卷五疾
一画二画三画四画五画六画七画八画九画十画十一画十二画十三画十四画十五画以上
正文太虚理气天地阴阳歌五行质气生克制化歌运气合脏腑十二经络歌主运歌主气歌客运歌客气司天在泉间气歌运气分主节令歌五音主客太少相生歌五运齐化兼化六气正化对化歌六十年运气上下相临歌起主客定位指掌歌天符太乙天
卷上胎前恶阻子烦子悬子肿子满子气子喑子痫子淋子嗽子疟心腹痛腰胁痛下血尿血转胞胎气上逼脏躁胎动胎痛孤浆吐血伤寒痢疾泄泻霍乱伤食盅鸣堕胎胎不长鬼胎伤胎肠覃石瘕卷中产后难产胎衣不下血晕厥恶露不下恶露不绝血崩
素问病机气宜保命集
卷一中风肝风眩晕头风虚劳卷二咳嗽吐血失音肺痿卷三遗精淋浊阳痿汗脱脾胃木乘土肿胀卷四积聚痞噎膈反胃噫嗳呕吐吐蛔不食肠痹便闭肺痹胸痹哮喘呃疸卷五风寒风温温热暑湿燥疫痧疹瘰痰痰饮卷六郁肝火不寐卷六三消脾瘅疟
序卷一跌打损伤小引看伤有治无治之论秘传下手口诀治周身口诀损伤秘传口诀秘传接骨口诀效方开后秘传要旨总论秘传损方药名十二咏卷二总论卷三跌打水药歌观音针（一点一针）雷火针九龙针太乙救苦针又麻药方附录经验杂方
陈序童序自序增补本草备要自序本草备要凡例药性总义内容草部黄甘草人参沙参丹参元参白术苍术葳蕤黄精狗脊石斛远志石菖蒲牛膝甘菊花五味子天门冬麦门冬款冬花紫菀旋复花百部桔梗荠马兜铃白前白芨半夏天南星贝母栝楼仁