自叙跋卷首六经解六气解营卫解风寒解传经解里气解卷一·太阳经风寒原委提纲 (卷一)太阳中风桂枝汤证太阳伤寒麻黄汤证太阳风寒两感桂麻各半汤证太阳风寒大青龙汤证衄血太阳伤寒小青龙汤证太阳风寒白虎汤证太阳伤寒
《神农本草经》简介邵序张序孙序周序上经（上品）玉石丹沙云母玉泉石钟乳涅石消石朴消滑石石胆空青曾青禹余粮太乙余粮白石英紫石英青石、赤石、黄石、白石、黑石脂等白青扁青草菖蒲鞠华人参天门冬甘草干地黄术菟丝子
序新刻药鉴卷之一寒热温平四赋，增补东垣未尽之意药性（寒门）药性（热门）药性（温门）药性（平门）新刻药鉴卷之一用药分根梢制药资水火用药丸散例解药毒法用药生熟法药性阴阳论病症标本论取方之法论各经补泻及专主
产后十八论
鬼门十三针
序医治整理补接次第口诀又治伤损方论
序凡例九针式卷一难经一、补泻二、补泻相反三、针刺浅深四、先后浅深五、井荥俞经合主病六、四时井荥俞经合刺七、脏腑荥俞合皆以井为始八、脏腑井荥为五六九、阴阳井荥木金相生不同十、出井入合十一、欲刺井当刺荥十
自叙卷一·温病解第一温病名义附岐伯温义附仲景温义温病根原病原同异风寒异邪营卫殊伤传经大凡太阳经证头痛热渴阳明经证目痛鼻干少阳经证胁痛耳聋三阳传胃太阴经证腹满嗌干少阴经证干燥发渴厥阴经证烦满囊缩三阴入脏
序卷上辩血辩气辩两肾辩三焦辩包络辩督脉辩脏腑阴阳辩九窍辩七门春伤于风夏生飧泄，秋伤于湿冬生咳嗽冬伤于寒春必病温，夏伤于暑秋必疟亢则害承乃制制则生化上部有脉下部无脉，其人当吐不吐者死东方实西方虚，泻南方
叙上卷一、太极图抄引二、太极图（图缺）三、太极图说四、不知《易》者不足以言太医论五、问三才所同者于人身何以见之六、命门图说（图缺）七、右肾水火辩九、《难经正义》三焦评附：东垣三焦论十、问诊三焦包络十一