序序凡例卷一述原引种预防禁忌辨证卷二论治（上）卷三论治（下）卷四运气选案
余无言医案及医话
简介序卷一卷二卷三卷四卷五卷六卷七卷八卷九卷十
书《玉机微义》后序兰室集·医家十要兰室誓戒戒行吟调鼎吟风火暑湿燥寒发热腹痛头痛腰痛胁痛心痛牙疼眼目泻痢疟（又名）咳嗽吐衄血溺血下血诸气漏淋小水不禁（详淋）喉痹诸疮漏疮疥风癣痔疮疮疝香港脚转筋痿内伤痰饮
自序卷上 辨证瘴疟形状人身肖天地瘴疟类天时受病之源瘴疟伤寒辨瘴疟内伤辨诸疟瘴疟辨伤寒瘴疟分南北辨瘴疟五脏俱病冷瘴热瘴瘴不治症脉日期妇人小儿发瘴时调理却病法瘴病中将息法瘴病后将息法灸法瘴后变症痢肿胀痰治
简介序凡例卷一卷二卷三卷四卷五卷六卷七卷八卷九卷十卷十一卷十二卷十三卷十四卷十五卷十六卷十七卷十八卷十九卷二十卷二十一卷二十二卷二十三附录
序卷一月经门经论女子月事属太冲脉盛经论女子血海属于少阴一经经论女子经水温寒与天地相应女子月事本血室以时而下论女子月经本任冲二脉血海有余论女子月事本任督二脉血海之满论妇人月水本于四经论女子天癸之至名月信
前言卷第一摄生之一（佚）卷第二摄生之二（卷末缺）顺养六气九气调食寿限卷第三阴阳阴阳大论调阴阳阴阳杂说卷第四（佚）卷第五（卷首缺）人合阴阳合四海合十二水卷第六（卷首缺）脏腑之一五脏命分脏腑应候脏腑气液卷
卷上勿药须知疗心法言林鉴堂安心诗养心说养肝说养脾说养肺说养肾说斋说食忌说食饮以宜居室安处论居处宜忌说寝室宜忌说卧时祝法睡诀孙真人卫生歌真西山卫生歌养神气铭孙真人养生铭谨疾箴导引却病法内养下手诀运气法固
脉法行经三忌恶阻论胞漏并小产论诸痛论胎逆上逼胀满子悬论诸血症论子肿子气子满论子烦并五心烦热及烦躁口干论子淋论转胞淋闭论子嗽论喘急论泄泻论霍乱论中恶中暑中湿中风论子痫论（一名子冒）痢论疟论伤寒温热时疫论