一、中风门二、风痹门三、心腹痛门四、霍乱门五、呕吐门六、气门七、痰饮门八、痨瘵门九、胁痛门十、腰痛门十一、香港脚门十二、积聚门十三、脾胃门十四、补益门（一）导引行气法（二）虾蟆行气法（三）入火法（四）
简介序凡例卷之一卷之二卷之三卷之四卷之五卷之六卷之七卷之八卷之九卷之十附录
简介前言序卷第一卷第二卷第三卷第四卷第五卷第六卷第七卷第八卷第九卷第十卷第十一卷第十二卷第十三卷第十四卷第十五卷第十六卷第十七卷第十八卷第十九卷第二十卷第二十一卷第二十二卷第二十三卷第二十四卷第二十五
凡例卷一九恨十三不可学十传摹看手指筋纹乃医家异教说治病不可关门杀贼说治病不可开门揖盗说汤方内更换药味说看病秘诀死症辨卓溪家传口诀推拿代药赋卷二阐明五脏生克以知补母泻子辨脐风辨胎寒辨胎热辨胎毒发丹辨胎惊
本草图经序本草图经奏敕玉石上品卷第一玉屑玉泉（图缺），文具玉屑条下。丹砂空青曾青（图缺），文附空青条下。绿青扁青，文具绿青条下。石胆云母石钟乳殷孽，文具石钟乳条下。孔公孽，文具石钟乳条下。石花，文具石
序一序二序三凡例寒性药品苦参升麻葛根柴胡前胡甘草黄连黄芩黄柏知母干地黄熟地黄芍药（白赤）大黄青皮枳壳枳实猪苓泽泻木通栝蒌桑白皮葶苈子滑石薄荷防风天门冬麦门冬牡丹皮红蓝花苏木栀子桃仁连翘地榆石膏马兜铃枇
第1部分第2部分第3部分第4部分第5部分
第1部分第2部分第3部分第4部分
序内消法一艾灸法二神火照法三刀针砭石法四围药法五开口除脓法六收口法七总论服药法八详论五善七恶救援法九将息法十外科症治方药发背脑疽鬓疽井口疽疔疮喉痹缠喉风缠舌喉风乳蛾舌衄悬痈（一）腮痈喉疮走马牙疳喉瘤茧
叙上卷一、太极图抄引二、太极图（图缺）三、太极图说四、不知《易》者不足以言太医论五、问三才所同者于人身何以见之六、命门图说（图缺）七、右肾水火辩九、《难经正义》三焦评附：东垣三焦论十、问诊三焦包络十一