正文以上发明病根，是本段之前半截。下乃备引经义，以证其实而足其理。以上论理升降出入，是病机也。推病根，为第二段。以上推论化气，发明标本，是补足前半篇义理，为第三段。以下论五味补泻治法，退出通篇，为第四
自叙卷上脾胃伤风中寒暑热暑厥中伏暑注夏湿燥火症风湿风温湿温瘾疹痛风劳倦痰火咳嗽喘青筋气怒中恶伤食卷下伤酒黄胆积聚瘕僻痞块癫狂痫症三消霍乱疟疾痢疾泄泻疝气香港脚痿症
仁斋直指方论
针灸节要
辨症玉函
自叙上卷原病温疫初起传变不常急证急攻表里分传热邪散漫内壅不汗下后脉浮下后脉复沉邪气复聚下后身反热下后脉反数因证数攻病愈结存下格注意逐邪勿拘结粪蓄血发黄邪在胸膈辨明伤寒时疫发斑战汗合论战汗自汗盗汗狂汗发
卷上春温时疠湿温暑燥病寒病冬温疟疾卷下女科幼科痘科痧疹外科
自序集之一·初生门证治通论钱氏论五脏所主五脏病五脏相胜洁古论五脏五邪相乘补泻大法五脏补泻法察色听声脉法死证襁褓乳哺乳儿法乳令儿病证哺儿法断乳法杂将护法集之一·初生门初生拭口法浴儿法断脐法灸脐法裹脐法服
序一序二序三卷上十二经总括诊三部脉法三部九候左右三部六候四季脉名诊五脏四季常脉定四季六脏平脉定四季相克脉诊五脏贼邪脉诊四时虚实脉歌下指轻重法诊五脏动脉法诊六腑平脉法脉息大数诊五脏脉诀男女反脉观人形性脉
马序王序一夏序王序二曹序许序陶序秦序丁甘仁先生别传卷一伤寒案风温案暑温案湿温案痉症案卷二霍乱案泄泻案痢疾案疟疾案喉痧案附∶白喉案附∶痧后案卷三中风案类中案神志案内伤杂病案附∶不寐案附∶肝气肝阳案附∶头